Journée OUTCOMEREA 2021 : COVID un autre regard
Session 5 : Les infections bacteriennes
Genevieve Héry-Arnaud, Professeur des Universités, enseignante-chercheur en bactériologie à la Faculté de Médecine de Brest et praticien hospitalier au CHRU de Brest
« Les infections communautaires sont rares, le microbiote pulmonaire me protège »
Etienne Ruppé, Bactériologiste à l'hôpital Bichat-Claude Bernard de Paris, et chercheur à l'Université Paris Diderot
« Les infections nosocomiales sont fréquentes, c'est une histoire de dysbiose »
Session 4 : Les infections fongiques et le Sars-CoV2 : Mythe ou Réalité ?
Jean-Pierre GANGNEUX, Parasitologie-Mycologue, CHU de Rennes, Inserm U1085 - Institut de Recherche en Santé Environnement & Travail, FRANCE
« COVID-19 et infections fongiques invasives »
Un diagnostic difficile mais faisable.
Marie-Elisabeth BOUGNOUX, Unité de Parasitologie-Mycologie, Microbiologie Clinique, Hôpital Necker, Université de Paris
Eric DANNAOUI, Unité de parasitologie-Mycologie, Laboratoire de microbiologie, HEGP, Université de Paris
« COVID et infections fongiques une réalité : données épidémiologiques »
« Comment j'explique tout ce qu'il se passe ? »
Session 3 :
Jerome Martin, MCU-PH Immunologie, UMR_S 1064 Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie DPHU1 Cancérologie Immuno Intervention Digestif Nutrition
« COVID 19 - Rôle de l'immunité dans les différents tableaux cliniques »
Sars-Cov2 a développé des mécanismes adaptatifs pour échapper aux défenses immunes innées de l'hôte et entrainer une réponse immunitaire exagérée et délétère. Nous reviendrons pendant cette conférence sur ce que l'on sait et ce que l'on suspecte.
Bruno Lina, PUPH de virologie, Laboratoire de virologie, Institut des Agents Infectieux, CHU de Lyon HCL - GH Nord-Hôpital de la Croix Rousse, 103 Grande Rue de la Croix Rousse, 69317 LYON CEDEX 4, FRANCE
« Echappement immunitaire »
A propos d'une récente publication dans le Lancet, la conférence reviendra sur les façon dont Sars-Cov2 peut échapper aux défenses immunitaires tout en restant pathogène.
Session 2 :
Samuel Alizon, Directeur de Recherche au CNRS affecté au laboratoire MIVEGEC à Montpellier
« Pourquoi le SARS-CoV-2 est-il virulent ? »
Le mal qu'un virus fait à son hôte peut s'étudier d'un point de vue fonctionnel, par exemple en analysant les mécanismes moléculaires ou immunitaires mis en jeu, mais aussi d'un point de vue évolutionnaire, en se plaçant du point de vue du micro-organisme et de sa propagation. L'étude d'infections microbiennes telles que le VIH, le paludisme ou la tuberculose nous permet de mieux comprendre l'émergence du SARS-Cov-2 dans les populations humaines et d'esquisser des pistes de scénarios possibles quant à son évolution.
Vincent Maréchal, Professeur des Universités - Sorbonne Université Co-fondateur de l'Observatoire Epidémiologique dans les Eaux Usées (OBEPINE)
« Des eaux troubles pour y voir plus clair ? »
L’épidémie de COVID-19 a souligné l’importance des dispositifs d’anticipation et de suivi de l’épidémie, aux différentes échelles (bâtiment, ville, région, pays…). Ces dispositifs sont particulièrement importants pour articuler une réponse précoce, adaptée et éventuellement ciblée, au risque épidémique. Le SARS-CoV2, agent étiologique de la COVID-19, se réplique dans les voies respiratoires mais également dans le tube digestif. Sa présence dans les selles a été mise à profit pour déployer un dispositif de surveillance unique en France. L’Observatoire Epidémiologique dans les eaux usées (OBEPINE), un réseau sentinelle innovant dont la vocation, par une approche multidisciplinaire intégrée (Virologie, hydrologie, mathématiques…), est d’évaluer l’intérêt scientifique et opérationnel de l’analyse des eaux usées dans la compréhension et le contrôle de l’épidémie de COVID-19. Déployé sur 150 stations d’épuration grâce à un soutien exceptionnel des tutelles et du MESRI (3,5 M euros), OBEPINE fournit aujourd’hui des courbes de tendance régionale sur la circulation virale. Le réseau vise également à évaluer le risque sanitaire depuis l’homme jusqu’à l’environnement et mesurer le caractère prédictif de la charge virale dans les eaux usées.
Session 1 : Place de la simulation dans l’analyse et la compréhension des risques
Emmanuel Vanoli, Consultant sénior, expert en simulation de fluides
« Comment la simulation 3D peut nous aider à comprendre le déplacement ans l’air d’un virus »
La transmission par voie aérienne de virus et bactéries est un sujet d’autant plus complexe à appréhender qu’il est par définition invisible. Grâce à l’apport de la simulation 3D d’écoulement d’air et de particules, on est en mesure de visualiser ces phénomènes mais aussi d’y trouver des parades. Que ce soit dans une chambre de réanimation en pression négative ou au sein d’un espace partagé tel qu’un box de déchoquage ou une salle de réveil, les travaux faits conjointement par les équipes de l’AP-HP et de Dassault Systèmes en 2020 permettent d’apporter des réponses mais aussi de soulever de nouvelles questions.
Lulla Opatowski, Professeur, Université de Versailles Saint Quentin/ Inserm / Institut Pasteur
« Utiliser la modélisation pour optimiser la détection de la circulation virale en milieu de soins »
Dans les hôpitaux non destinés à accueillir des patients Covid, comme les hôpitaux de soins de suite, l'introduction du virus peut néanmoins être à l'origine d'épidémies responsables d'un grand nombre de cas avant leur détection, avec potentiellement des conséquences graves pour les patients. Dans ces structures, la capacité en tests est souvent limitée. Nous illustrons comment la modélisation mathématique peut aider à optimiser l'utilisation des tests disponibles pour réduire au maximum les délais de détection et ainsi le risque épidémique.
Laura Temime, Professeur Conservatoire National des arts et Métiers
« Utiliser la modélisation pour aider au contrôle du risque nosocomial »
Lorsque qu'un cluster épidémique est détecté en milieu de soins, un arsenal de mesures peut être mis en place. Or il est difficile d'évaluer quelles combinaisons de mesures sont les plus efficaces dans un contexte spécifique, et ces mesures représentent un coût important et des difficultés organisationnelles pour les services. Dans ce cadre, la modélisation peut être appliquée à des situations concrètes afin de répondre à des questions locales et aider à optimiser la mise en place des mesures. Nous présentons ici un exemple issu d'une collaboration avec un hôpital en Bretagne.